Bộ máy tổ chức của Công ty được thể hiện theo sơ đồ sau:

Công ty được tổ chức quản lý theo mô hình Chủ tịch Công ty, Tổng Giám đốc và Kiểm soát viên. Chủ tịch công ty có thể kiêm Tổng giám đốc.

+ Ban Tổng Giám đốc: Hiện có 04 thành viên, trong đó có: 01 Chủ tịch kiêm Tổng Giám đốc, 03 Phó Tổng giám đốc.

+ Các phòng ban nghiệp vụ: Gồm 06 phòng ban với các chức năng và nhiệm vụ riêng biệt như sau:

1.1. Phòng Kinh doanh: Có chức năng nhiệm vụ chủ yếu là tham mưu cho Tổng Giám đốc Công ty các lĩnh vực sau: Tổ chức triển khai thực hiện kế hoạch sản xuất kinh doanh của Công ty; chiến lược phát triển sản xuất kinh doanh, mở rộng thị trường, kế hoạch thực hiện lập và triển khai các dự án đầu tư, công trình xây dựng kết cấu hạ tầng giao thông, dịch vụ giao thông đường thủy, đường bộ; công tác đấu thầu, và thực hiện các nhiệm vụ khác do Tổng Giám đốc giao.

 1.2. Phòng Kế hoạch: Có chức năng nhiệm vụ chủ yếu là xây dựng kế hoạch sản xuất kinh doanh ngắn và dài hạn, thống kê sản xuất kinh doanh của Công ty; giúp việc cho Tổng Giám đốc trong công tác tổng hợp, phân tích, đánh giá tình hình hoạt động của Công ty; tham mưu công tác quy hoạch phát triển, quản lý bảo trì hệ thống đường thủy nội địa.

1.3. Phòng Kỹ thuật: Có chức năng quản lý và tổ chức thực hiện công tác kỹ thuật phương tiện, máy móc, thiết bị của Công ty; tham mưu cho Tổng Giám đốc Công ty trong công tác quản lý vận hành, bảo trì, sửa chữa, và nâng cao chất lượng, hiệu quả hoạt động của các phương tiện; công tác sáng kiến sáng tạo, khoa học kỹ thuật, quản lý vật tư, phương tiện, thiết bị toàn Công ty, công tác an toàn lao động, phòng chống cháy nổ.

1.4. Phòng Tài chính kế toán: Có chức năng chủ yếu là tham mưu giúp Tổng Giám đốc Công ty trong lĩnh vực quản lý vốn và tài sản, hạch toán kế toán, kiểm tra công tác tài chính - kế toán, lập kế hoạch tài chính, xây dựng quy chế quản lý tài chính, kiểm soát các chi phí hoạt động của Công ty, tổ chức kiểm kê tài sản theo quy định hiện hành của nhà nước, báo cáo tài chính hàng năm trình cấp có thẩm quyền thẩm định.

1.5. Phòng Tổ chức hành chính: Có chức năng chủ yếu là tổ chức thực hiện các công tác: Tổ chức bộ máy, công tác quy hoạch cán bộ, lao động tiền lương, tuyển dụng, đào tạo, công tác thi đua khen thưởng, thực hiện chế độ chính sách liên quan đến người lao động, chăm sóc sức khoẻ người lao động, bảo vệ khối văn phòng, công tác văn thư lưu trữ và công tác hành chính quản trị của Công ty.

1.6. Phòng Pháp chế giao thông: Có chức năng nhiệm vụ chủ yếu công tác pháp chế toàn Công ty, công tác phòng chống tham nhũng, công tác bảo vệ các công trình giao thông thuộc phạm vi Công ty quản lý, công tác dân quân tự vệ.